Manuel Hernández-Silva hat seinen Abschluss am Wiener Musikkonservatorium bei Prof. Reinhard Schwarz und Georg Mark mit Auszeichnung erworben. In seinem letzten Studienjahr gewann er den Dirigentenwettbewerb des Forum junger Künstler, organisiert vom Wiener Kammerorchester, welches Hernández-Silva in der Folge im Wiener Konzerthaus leitete.

Er hat bei mehreren grossen internationalen Festivals dirigiert und er ist regelmässiger Gast bei spanischen und ausländischen Orchestern. Er war Chefdirigent des Córdoba-Orchesters und Gastdirigent des Simón Bolívar Orchestra von Caracas. Derzeit ist er Chefdirigent und künstlerischer Leiter des Malaga Philhamornic Orchestra und musikalischer Leiter des Jugendorchesters von Andalusien.

Weiter dirigiert hat Manuel Hernández-Silva unter anderem die Sinfonieorchester von Wien, Israel, Prag, Mexiko, Puerto Rico, Venezuela, Caracas, Simón Bolívar, Mulhouse und Wuppertal, Seoul, Nord Czech, Olomouc, die Janacek Philharmonie, die Rheinische Philharmonie, das Chile National Orchestra sowie die grossen Orchester in Spanien.