Jürgen Kirner studierte Visuelle Kommunikation und Bühnenbild in Kassel, Hamburg und Berlin und arbeitete als Assistent von Florian Etti, Heinz Hauser und Robert Wilson. Seit 2001 ist er freischaffend tätig mit zahlreichen bildnerischen Arbeiten für Schauspiel, Musiktheater, Performances und Tanz. Die ersten Arbeiten entstanden für das Düsseldorfer Schauspielhaus. Es folgten Produktionen für die Stadshouwburg Antwerpen, die Bayerische Staatsoper München, für das Opernhaus Halle, Stadttheater Heidelberg und Badisches Staatstheater Karlsruhe, für die Landestheater Salzburg und Linz, für die Theater St. Gallen und Bern sowie für die Sommerfestspiele in Montpellier.

Für den Opernregisseur Aron Stiehl entwarf Jürgen Kirner das Bühnen- und Kostümbild für die Oper Medusa, uraufgeführt an der Bayerischen Staatsoper. Ihre Zusammenarbeit findet sich in den Opern Schlafes Bruder, Fidelio, Lady Macbeth von Mzensk, Il Mondo della Luna, Madame Butterfly, Figaros Hochzeit, Bajazzo, La Bohème, Der Fliegende Holländer wieder. Mit Zubin Mehta und dem Israelic Philharmonic Orchestra brachten sie Die Entführung aus dem Serail in Tel Aviv und Jerusalem auf die Bühne. Im Sommer des Wagnerjahres entsteht schließlich in Koproduktion mit der Oper Leipzig Das Liebesverbot für die Bayreuther Festspiele.
Zu seinen Arbeiten zählen weiterhin: Tosca (Salzburg), My fair Lady, Sweet Charity, Kuss der Spinnenfrau, Jekyll and Hyde und eine Lustige Witwe (Pascale Chevroton), Moving Mozart, Topographical Layers, Tanz/Ton/Strom, Delta Blues, Beethoven, Three to one (Kevin O'Day Ballett, Mannheim), Stabat Mater (Alessio Trevisani, Berlin), Letters of Others, Bass Concerto (Stuttgarter Ballett), Großsstadttryptichon, Mahagonny Songspiel (Bridget Breiner, Gelsenkirchen).

Jürgen Kirner lebt in Berlin.