Dès son plus jeune âge, Andreas Sebastian Weiser a pris des leçons de piano, de violoncelle, puis aussi de direction d’orchestre. En outre, il chantait dans le Choeur de garçons Hymnus de Stuttgart. En 1985, Il termine parmi les finalistes au premier concours italien «Arturo Toscanini Cunducting Competition». Dans la saison 1987/1988, il va compléter sa formation par un cours de maîtrise chez Václav Neumann, chef d’orchestre titulaire de l’Orchestre philharmonique tchèque. En 1990, Weiser est nommé chef d’orchestre principal de l’Orchestre philharmonique de Jena. Dans les années suivantes, Andreas Weiser a collaboré avec les principales formations et solistes européens, dont le Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, le Münchner Rundfunkorchester, le Luzerner Sinfonieorchester, l'Orchestre Symphonique de Berne et le MDR Sinfonieorchester. Il a été invite à l' Opéra de Lille, l'Opéra de Nice, le Staatstheater Kassel et l'Opéra de Prague. Ses enregistrements de CD avec l'orchestre de chambre philharmonique tchèque ont été publiés par Artesmon.

En 2009, Weiser a dirigé l’Orchestre Philharmonique du Qatar lors de ses débuts américains à Washington D.C. Il a également étudié aux États-Unis l’opéra de Benjamin Britten «The Turn of the Screw» dans le cadre du festival de musique de Castleton.

Depuis la saison 2012/13, Weiser assume les fonctions de chef principal de la Philharmonie de Hradec Králové.