Christian Knüsel absolvierte Studien in Dirigieren und Trompete in Luzern, Holland und in den USA. Sein Studium der Musikwissenschaft an der Universität Basel schloss er mit Auszeichnung ab.

Neben Förderpreisen verschiedener Stiftungen erhielt er 2010 das Tonhalle-Stipendium des Musikwissenschaftlichen Instituts Zürich. Er assistierte und hospitierte bei führenden Klangkörpern wie den Berliner Philharmonikern, dem Bayerischen Rundfunk in München und dem Concertgebouw Orchestra in Amsterdam.

Heute ist Knüsel künstlerischer Leiter und Dirigent des Neuen Orchesters Basel, das 2014 den Orchesterwettbewerb des Murten Classics Festivals gewann und im April 2016 auf Einladung des Rahn Kulturfonds sein Debüt in der Tonhalle Zürich gibt. Neben der Pflege des traditionellen Konzertrepertoires engagiert sich Christian Knüsel für die zeitgenössische Musik, beispielsweise gastiert er in der Saison 2015/2016 bei der IGNM Basel und für ein multimediales Konzertprojekt mit Uraufführungen an der Zürcher Hochschule der Künste.